Bei der Finanzierung eines Bioenergieprojektes über spezielle Projekt-/Beteiligungsfonds stellen vermögende Privatanleger und Investoren Eigenkapital für die Projektfinanzierung bereit. Die privat organisierte und mit privatem Kapital ausgestattete Projektgesellschaft realisiert mit Hilfe dieser Mittel das Projekt.

Projektfonds funktionieren als Sammelstellen für private Anlegergelder, aus deren Mittel die Projekte Kapital erhalten. Das Fondsvolumen wird in Form von Aktien oder stillen Gesellschaftsanteilen angeboten. Die Zeichner der Anteile sind als Aktionäre oder Gesellschafter an der Projektgesellschaft beteiligt. Das bedeutet, dass jeder Gesellschafter bzw. Mitunternehmer mit seinem Kapitalanteil an allen Gewinnen und Verlusten der Gesellschaft beteiligt ist. Verluste, die insbesondere in der Anfangsphase des Projektes auftreten können, werden dem Anleger anteilig zugewiesen. Diese individuellen Verlustzuweisungen wirken sich bei der persönlichen Einkommens- bzw. Lohnsteuererklärung steuermindernd aus.

Die Projekt-/Beteiligungsfonds werden meist von speziellen Finanzdienstleistergruppen, Finanzagenturen oder Fondsmanagern angeboten. Unter ihnen befinden sich auch verschiedene, die sich auf die Finanzierung von Projekten zur Nutzung erneuerbarer Energien spezialisiert haben. Die Finanzagenturen entscheiden meist nach einer eingehenden Analyse des geplanten Projektes unter Zuziehung von Experten darüber, ob sie eine Idee oder ein Vorhaben finanzieren oder nicht. Hierbei werden sowohl die Finanzkennzahlen als auch die ökologische Zielsetzung des Projektes beurteilt. Die Chancen, eine solche prinzipiell bankunabhängige Eigenkapitalbeschaffung für ein bestimmtes Bioenergieprojekte zu bekommen, sind besonders gut, wenn Aussicht auf eine kontinuierliche und akzeptable Verzinsung besteht und ein intelligentes Marketing eingesetzt wird, um entsprechende Kapitalgeber zu finden.